การดำเนินงานของศูนย์ฯ เขาหินซ้อนฯ ได้ดำเนินการตามแนวพระราชดำริ เพื่อเป็นแหล่งรวบรวมการศึกษา ทดลอง วิจัย และการพัฒนาปรับปรุงพื้นที่ดินทรายจัดเพื่อเกษตรกรรม ซึ่งมีรูปแบบการให้บริการแบบเบ็ดเสร็จ ณ จุดเดียว โดยให้บริการแก่ประชาชนและเกษตรกรที่เข้ามาศึกษาหาความรู้ ณ ที่แห่งเดียวในทุกสาขาวิชาชีพ เสมือน ”พิพิธภัณฑ์ธรรมชาติที่มีชีวิต” เป็นตัวอย่างแห่งความสำเร็จในด้านการเกษตรกรรม และการพัฒนาอาชีพ เพื่อเป็นต้นแบบ และแนวทางให้แก่เกษตรกรและผู้สนใจนำไปประยุกต์ใช้ในการปฏิบัติในพื้นที่ต่อไป

ภายในศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อน มีหน่วยงานทั้งสิ้น 11 หน่วยงานดังนี้

– งานพัฒนาที่ดิน
– งานพัฒนาชุมชน
– งานเพาะชำกล้าไม้
– งานวิทยลัยเกษตรและเทคโนโลยีฉะเชิงเทรา
– งานโยธาธิการ
– งานส่งเสริมและผลิตภัณฑ์พืชสวน
– งานวิชาการเกษตร
– งานปศุสัตว์
– งานส่งเสริมสหกรณ์
– งานสวนพฤกษศาสตร์
– งานประมงสาธิต